git add .

  • Добавляет только изменения в текущей директории и ниже.
  • Не захватывает файлы выше по иерархии, если ты находишься в подпапке.
  • Не отслеживает удалённые файлы выше уровня, где вызвана команда.
cd src/utils
git add .

Добавит только изменения в src/utils/ и её подпапках.

git add -A

  • Добавляет все изменения по всему репозиторию: новые файлы, изменённые, удалённые.
  • Работает независимо от того, в какой папке ты находишься.
cd src/utils 
git add -A

Добавит изменения по всему проекту, включая удалённые файлы

Резюмирую

Команды git add -A и git add . делают одно и тоже, индексируют новые, удаленные и измененные файлы, но различие в зоне ответсвенности. Команда git add . работает только в пределах текущей директории и вложенных папок, тогда как команда git add -A охватывает весь репозиторий.